Początki ogrodu zoologicznego w Bratysławie są bardzo stare. Pierwsze oficjalne rozmowy zaczęły się w 1948 roku. Nie było mowy o jakichkolwiek zoologicznych tradycjiach na Słowacji w tym czasie, dlatego koncepcja stworzenia ogrody była bardzo trudna.

W 1949 roku powstało zoo w okolicy Železnej studničky. Jednakże raporty ekseprtów potwierdziły, że lokalizacja jest nieprzydatna. Została przyjęta nowa propozycja - budowa zoo w Mlynskej doline. Na początku ogród zajmował 9 ha powierzchni, lecz w planach była rozbudowa zoo do 90 ha. Początkowym zamiarem było zbudowanie zoo w rogu PKO (Park kultury i relaksu), ale później, biorąc pod uwagę znaczenie Bratysławy jako stolicy Słowacji, zgodzono się zbudować oddzielną hodowle i instytucje edukacyjną. Budowę rozpoczęto w 1959 roku, a ZOO otwarto w dniu 9 maja 1960 roku. W pierwszych latach istnienia ZOO Bratislava odnotowało pierwsze sukcesy hodowlane (hodowla makaków, pawianów, jeżozwierze, nutrii, lampartów, pum oraz dingo).

Jako jeden z pierwszych ogrodów zoologicznych w Europie hodował młode rysie. Szczególną uwagę zwrócono na hodowle antylop, pawianów, danieli oraz sarn. W ogrodzie pojawiły się takie działania edukacyjne jak usługi doradcze dla hodowców zwierząt i amatorskie kluby z jazdy konnej, sokolnictwo, kluby zoologiczne, klub hodowlanych i amatorski klub ochrony. Później kolekcja zwierząt została zwiększona o wiele rzadkich gatunków zwierząt. ZOO Bratislava osiągnęło najbardziej znaczących sukces w sztucznej hodowli lampartów perskich i hien pasiastych w byłej Czechosłowacji.

Nadzwyczajnym międzynarodowym sukcesem było powtórzeniem projektu antylopa Saharyjska - oryks szablorogi - który pod auspicjami CMS (Bonn, Konwencja o ochronie wędrownych gatunków dzikich zwierząt) jest przygotowany i wdrożony przez Zoo w Bratysławie razem z Marwell Zoological Park (Wielka Brytania).

Załamaniem w działaniu Zoo była, w latach 1981 - 1985, kompletna likwidacji dwóch trzecich ekspozycji pierwotnego kampusu z powodu budowy kolektora ściekowego i połączenia drogowego. Bratysławskie Zoo wciaż nie otrząsneło się po tej stracje, kiedy w 1995 r. podjęto decyzjie w sprawie budowy autostrady Bratislava - Lamačská cesta - Staré Grunty, na terenach dolnej części obszaru ogrodu zoologicznego.

Pomimo trudności finansowych liczbę zwierząt hodowlanych wzrosła z oryginalnego 238 gatunków zwierząt w 74 do obecnych 983 w 157 gatunków zwierząt.