Ośrodek istnieje od 1999r. Jednak działalność na rzecz ochrony fok podjęta została już w 1992 roku. Ostatniego dnia marca na plaży w Juracie znaleziono młodego samca foki szarej. Nadano mu imie Balbina. Od tego czasu Fokarium jest częścią Stacji Morskiej, gdzie realizowany jest projekt odtworzenia i ochrony kolonii fok szarych w rejonie południowego Bałtyku. Z założenia jest to placówka badawczo-hodowlana, dzięki której w przyszłości foki znów zasiedlą południową część Bałtyku, a jednocześnie ośrodek rehabilitacji osobników chorych i osłabionych. Wyleczone foki są wypuszczane na wolność, podobnie jak przychówek hodowlanego stada.

Wypuszczanie ma na celu uzupełnienie strat, jakie naturalna populacja bałtyckich fok ponosi wskutek nierozważnej działalności człowieka. Wszystko po to, aby foki szare mogły żyć jak dawniej w obrębie całego morza, a spełniając pozytywną rolę drapieżnika były dla człowieka testerem jakości morskiego ekosystemu, w tym ryb. W fokarium Stacji Morskiej prowadzi się badania nad biologią i ekologią bałtyckich fok. Bada się ich zachowanie, skład pokarmu, wiek, trasy wędrówek, zatrucie tkanek substancjami toksycznymi, zapasożycenie oraz ustala najważniejsze zagrożenia i przyczyny śmierci tych zwierząt. Ośrodek spełnia ważną rolę pomocniczą w odtwarzaniu bałtyckiej populacji tego gatunku. Ratuje foki chore, dostarcza młode. Zaznajamia ludzi z problemami ekologicznymi Bałtyku i jego mieszkańców.